パピーは一般のライブCDと同じ様に、パソコンにインストールしなくても実行できます。パピーは直接CDから実行でき、あなたのパソコンのオペレーティングシステムに影響を与えません。その他パピーをハードディスク或いはUSBメモリースティックにインストールして使うこともできます。
まず「BIOS」のブート順序のセットアップが必要です。「BIOS」のセットアップが分からなければパソコンのマニュアルを読んで下さい。一般ではパソコンの電源を入れた時点で下記の幾つかのキーの内の一つをすぐさま押せばいいです：F1?F12或いは「Del」キー。「BIOS」のセットアップメニューからブート順序を変え、CD-ROMを1番目、ハードディスクが2番目として設定し、「BIOS」のセットアップメニューから出て、セッティングを保存して下さい。
普通、パソコンはこの時点でリブートします。パピーCDをすぐさまCD-ROMに挿入して下さい。その動作が遅かったらあなたの元々のオペレティングシステムがブートします。この場合、パピーCDをCD-ROMに挿入されたままパソコンをリブートして下さい。
これでパピーはスタートします。スタートアップ手順で国の選択を要求されます。カーソルキーであなたの国を選択して、「Enter」キーを押して下さい。次はパピービデオウィザードのウィンドウが開き、「Xorg」がすでにハイライトされています。「Enter」キーを押して下さい。少し時間が経ってからもう一つのウィンドウが現れます。カーソルキーであなたのパソコンのスクリーン（LCDパネル＝フラットスクリーン、CRT＝古い型のモニター）、そして解像度を選択して、「Enter」キーを押して下さい。しばらくするとパピーのデスクトップが現れます。
Xorg が動かない時は Xvesa を選択して下さい。数秒後、パピーデスクトップが現われます。 解像度を選択して下さい（例えば 1280x1024x24）。そして「Test」ボタンをクリックして下さい。
数秒後、パピーデスクトップがもう一度現われます。「OK」ボタンをクリックして下さい。
Xvesa の不便な点は、USキーボード以外はキーボードレイアウトを合わせなければいけません（6.4章を参照）。
パピーは完全にRAMにロードされます。あなたの現存のオペレーティングシステムは変更されませんので、パピーを安全に操作することができます。ここでパピーCDをCDドライブから取り出し、CDドライブは他の用途で使えます。
パピーを終了するとあなたのセッティング及び個人ファイルを「pup_save.2fs」と言うファイルを作り、ハードディスクの場合は「SAVE TO FILE」かCD-ROMの場合は「SAVE TO CD」のどちらに保存するかと聞かれます。（「Tab」キーでどちらかを選ぶことができます）。保存したくなければ「DO NOT SAVE」をマークして「Enter」キーを押して下さい。
個人のセッティングとファイルを保存したければ、どのハードディスクに保存するかと聞かれます。
パピーがブートした時、ブートオプションが付けられます。何もしなければパピーは5秒（デフォルト）後、RAMにロードされます。 パピーがスタートすると自動的に保存されている「pup_save.2fs」ファイルを探しに行きます。もしそれがまだ存在していなければキーボードマップとスクリーンの解像度を質問して来ます（3.1章参照）。
ブートオプション
このオプションを使うと個人のセッティング及び個人ファイルをキープする「pup_save.2fs」ファイルが存在していても、パピーはこのファイルを使わず、RAMにロードします。このブートオプションは非常に有利で、このマニュアルでも数回使いました。他のブートオプションは通常必要では有りません。
パピーは、全てのセッティングとあなたの個人ファイルを「pup_save.2fs」と言うファイルに保存します。このファイルのサイズは512MBをお勧めします。このファイルサイズはプログラムの追加やCD-ROMへのバックアップに丁度手頃なものです（注：USBスティックへのファイルのバックアップは１GBのストレージ容量が必要です）。パピーは「FAT32」ファイルシステムにしか「pup_save.2fs」ファイルを保存することができません（注：USBスティックと外付けのハードディスクは通常FAT32ファイルシステムでフォーマットされてますので、問題ありません）。 ウィンドウズXPのユーザーは通常NTFSファイルシステムだけです。「pup_save.2fs」ファイルを保存するのには二つのオプションがあります：
パピーを長い間使うなら2番目の方法をお勧めします。この方法は色々な面で有利です。